本发明公开了一种燃料电池系统中冷器的评价方法，包括S1、基于中冷器的技术参数及内部介质的物性参数，对中冷器进行中冷器换热系数的数学模型搭建；S2、根据数学模型计算中冷器换热系数，进而对中冷器进行性能评价；S3、选定中冷器，选取中冷器换热系数为定量，对各个中冷运行参数变量进行敏感性分析。本发明首次基于换热模型，对中冷器搭建了中冷器换热系数数学模型，进而对中冷器进行性能评价，为燃料电池设计提供理论依据，而且将仿真数据与实际数据进行对比，误差很小，表明此数据模型可以应用于燃料电池系统设计中；并选取中冷器换热系数为定量，对其各个参数变量进行了敏感性数据分析，可在设计燃料电池系统时对其敏感性参数进行考虑。