本发明公开了一种燃料电池系统分水器设计方法，包括：S1、收集参数资料；S2、根据分水器冷凝水量及燃料电池系统电堆阳极最大极限水量设计储水腔容积下限；S3、根据预设进出口流阻、分水器内氢气质量、分水器内水量设计进气口缩进段直径，并计算进气口缩进段速度；S4、根据预设挡板处流阻、分水器内混合密度、进气口缩进段速度设计挡板倾斜角度。本发明详细阐述了分水器的设计原理，只需要拿到系统相关参数，按照此思路就可以进行分水器设计，本发明提供了一种分水器普试设计方法。