本发明提供了一种燃料电池长堆组装固定装置及组装方法，属于燃料电池组装技术领域。燃料电池长堆组装固定装置包括：底座、多个限位柱、以及定位杆。底座具有用于放置燃料电池极板的抵持平面；多个限位柱均与底座连接，相邻的限位柱之间通过限位件连接，限位件与限位柱围合形成燃料电池极板的限位空间；限位柱面向限位空间的一侧设置有能够抵持燃料电池极板的限位凸块；定位杆与底座连接，且定位杆设置在限位空间的对角位置。燃料电池长堆组装固定装置能有效地避免双极板和膜电极组装错位。