本发明提供一种具有氢循环及换热功能的燃料电池系统结构，包括：至少一个燃料电池堆；中间连接板，与至少一个燃料电池堆固定连接，中间连接板的一端面与前端端板的氢气进出通道和冷却液出口连接，另一端面设置氢气总进口、氢气总出口和冷却液总出口；氢气汇流盒，安装于氢气总进口的周围且氢气汇流盒一侧设置的氢气出口和冷却液进口与氢气总进口及冷却液出口分别连接；氢气汇流盒的另一侧设置有湿氢气进口、干氢气进口和冷却液出口；氢气循环泵；气液分离器和保温管路。本发明使用具备集成功能的元件，利用氢循环泵及保温管路等，实现氢气的高效利用，在提升燃料电池系统高功率输出性能的同时使其体积最小化。