本发明提供了一种燃料电池系统停机吹扫的自适应控制方法，包括燃料电池系统停机；判断燃料电池系统是否处于低温模式，若“是”，执行燃料电池冷吹扫并将冷吹扫标志设为1；燃料电池系统开机；判断燃料电池系统是否处于低温模式，若“是”，判断冷吹扫标志是否为1，若“是”，燃料电池系统执行内源冷启动；若“否”，燃料电池系统执行外源冷启动。本发明的优点在于：解决了燃料电池系统停机时无法预知下次开机前的环境温度情况导致的吹扫过度或者不足的问题。