本实用新型涉及燃料电池技术领域，具体公开了一种低噪音的燃料电池系统，该系统包括供气系统和冷却系统，所述供气系统包括依次连接的空滤器、电机、电堆以及发动机控制器，所述电机上增设冷却腔体和消音腔体，冷却腔体的进出口与冷却系统连接，所述电机还设置有低压控制器，低压控制器上集成设置有温度传感器，所述冷却系统接收温度信号控制进入冷却腔体的冷却液流量。通过冷却腔体和消音腔体综合对电机的辐射噪音进行降噪处理，同时，还能够保证电机的工作温度稳定，提高燃料电池系统的工作性能。