本发明提供了一种燃料电池低温自启动的控制方法，包括：基于电堆目标平均单片电压和气量比启动策略得到DCDC变换器输出目标电流；基于目标电流和获取的目标温差控制水泵转速；基于目标电流确定目标氢气入堆压力，闭环控制氢气路的氢喷；基于目标电流调整DCDC变换器的实际输出电流；基于目标电流确定目标空气压力和空气流量，闭环调整空气路上出口节气门和空压机转速，基于气量比启动策略得到空气路上三通阀开度前馈量，基于三通阀开度前馈量、目标电流、平均单片偏差、理论空气计量比和实际电流偏差闭环调整空气路上三通阀开度。解决由于电堆单片性能不一致和性能衰减等问题导致的在固定策略下低温冷启动易失败的问题，提高系统可靠性。