本发明提供了一种用于低氧环境的燃料电池电堆活化控制方法，属于燃料电池技术领域，解决了现有技术无法在低氧环境中在线实时调节电堆活性的问题。该方法包括：S1.将电堆的空气入口与活性可逆的空气调控装置连接；该空气调控装置包括氧分离装置、空压机、调压阀和分配阀；分配阀的输入端一经空压机接氧分离装置的氧气出口，输入端二接氧分离装置的氮气出口，输出端接电堆的空气入口；调压阀设于电堆的空气尾气出口；S2.启动设有上述电堆和空气调控装置的燃料电池系统；S3.定时监测空气调控装置的运行参数识别该装置是否需要活化，一旦需要，关闭燃料电池系统后对该装置内活性材料进行活化调整，否则，继续维持燃料电池系统的运行状态不变。