本发明提供了一种用于多燃料电池系统的尾排控制装置，属于多燃料电池系统尾排设计技术领域，解决了现有技术尾排并联时产生窜气影响被测燃料电池的问题。该装置包括多个燃料电池尾排管道，公共管道，位于每一燃料电池尾排管道上的防反流管阻监控设备，位于公共管道进风口处的防爆总风机。每一燃料电池尾排管道的入口接相应燃料电池的尾气出口。防反流管阻监控设备包括依次设置的第一压力传感器、降温设备、第二压力传感器、防爆子风机。第一压力传感器、第二压力传感器用于提供其所在燃料电池尾排管道内的气体是否存在返流现象以及管阻大小的数据。防爆子风机作为调控燃料电池尾排管阻的执行机构，防爆总风机作为消除返流现象的执行机构。