本发明提供了一种燃料电池热电联供系统及控制方法，其中，燃料电池热电联供系统，供热装置与燃料电池连通，储能变流器的直流端分别与锂电池和燃料电池电连接，所述储能变流器的直流端还与DC/DC电路的输入端电连接，所述DC/DC电路的输入端与锂电池的输出端电连接，所述DC/DC电路的输入端还与燃料电池的输出端电连接，所述DC/DC电路的输出端与智能监控单元的输入端电连接；当所述燃料电池工作时，所述燃料电池产生的热量通过供热装置为用户提供热量，并基于用户需求用热量和燃料电池产生的热量控制供热装置；当外部电源异常时，所述储能变流器将锂电池和燃料电池输出的直流电转换为交流电后供交流负载使用。达到延长燃料电池使用寿命的目的。