本发明属于燃料电池技术领域，尤其涉及一种燃料电池发电系统冷却方法及系统；本发明通过燃料电池发电系统的历史数据训练得到长短期记忆网络模型，然后通过历史温度和发电功率数据对未来的温升进行预测；并将预测结果输入至冷却系统，从而实现提前精准调节；同时，在对长短期记忆网络模型训练时，对历史数据去除错误点，提高了模型训练精度，进而提高了温升预测精度，从而使温度调节更加精准。