本发明涉及燃料电池技术领域，更具体的说，涉及一种用于电动叉车的燃料电池复合电源系统。本系统包括：动力电池控制器，设置于燃料电池控制器局域网，发送动力电池输出能力信号至燃料电池控制器；燃料电池控制器，将所接收的动力电池输出能力信号与燃料电池发电能力信号、响应时间相结合，生成复合电源系统综合充放电能力信号并发送至叉车控制器；燃料电池控制器，接收叉车控制器的动力电池包控制指令，结合燃料电池系统状态对动力电池控制器发送控制指令，对动力电池包进行控制。本发明将燃料电池和动力锂离子电池结合，通过创新的电气控制接口设计，无需对电动叉车原有电气及控制单元进行变更，以最低成本快速升级改造纯电动叉车。