本发明公开一种燃料电池电堆的保护方法、系统及膜电极温度测算方法。其中，所述保护方法包括获得所述单体的电压；获得该单体的膜电极温度；以及，当所述单体的电压未反极但低于预设电压阈值，且该单体的膜电极温度高于预设温度阈值时，执行保护动作。本发明公开的燃料电池电堆的保护方法，可避免过保护和保护不及时，具有兼顾电堆的保护及输出功率的优势。