本发明提供一种燃料电池水管理系统及其控制方法，燃料电池水管理系统包括燃料电池、与燃料电池的出水口相连通的出水管路、与出水管路的出水端相连通的第一支管路、与出水管路的出水端相连通的第二支管路、与第一支管路和第二支管路相连通的调温阀、与调温阀相连通且与燃料电池的进水口相连通的进水管路、与燃料电池相连通的空气进气管路、及控制器，所述出水管路中设有水泵及出水温度传感器，第一支管路中设有散热器，空气进气管路中设有空压机、流量传感器、及空气压力传感器。本燃料电池水管理系统及其控制方法，能防止燃料电池在过高水温条件下运行，使得燃料电池使用寿命更长。