本发明提供了一种针对大功率燃料电池系统的散热控制方法及系统，属于燃料电池技术领域。本发明包括在散热器芯体上分布多个散热风扇，将多个风扇分组进行控制，进行分组时，同一组的散热风扇呈对称分布，对称轴与散热芯体冷却液流向平行；控制时，分组进行启动，先启动的风扇组启动到怠速后，当根据散热器出口实际温度及散热器出口目标温度将转速提高至控制限时，再启动下一组风扇，按启动的逆顺序分组进行关闭。本发明要求分组风扇按照一定的空间布置，通过分组控制减小了风扇启停导致的温度波动、降低整车风扇噪声、提供整体散热器寿命，以防止散热芯体失效。