本发明公开一种基于数字孪生的燃料电池低温运行控制系统及方法，包括：燃料电池模组、数据采集模块、数字孪生模型和控制模块。本技术方案通过数字孪生模型构建与燃料电池模组形成映射关系且可联动的虚拟模型，利用数据采集模块采集燃料电池模组的检测参数，以及利用控制模块调整燃料电池模组的工作参数，从而实现在终端上统一监测及控制燃料电池的零部件；此外，通过设置于燃料电池模组上的传感器获取燃料电池模组所处环境的温、湿度，将外部环境因素纳入计算范围内，可实时提供更准确的吹扫策略，保证燃料电池的正常工作以及有利于燃料电池的寿命保持。