本实用新型提供一种燃料电池的氮气吹扫保护装置，包括燃料电池系统；氮气发生单元，包括空压机和变压吸附装置，空压机通过空气进气管路与变压吸附装置的进气端相连接，变压吸附装置内填装有在高压条件下能够吸附空气中氮气分子的分子筛；变压吸附装置的出气端连接一主出气管路，主出气管路的出气端与第一排气管路及第二排气管路连接，第一排气管路上设有第一通断阀，第二排气管路上设有第二通断阀，第二排气管路与燃料电池系统的阳极腔的进气端相连通，阳极腔的出气端还设有第一尾气排放管路，第一尾气排放管路上设有第三通断阀。该装置能够有效延长燃料电池运行使用寿命、且不用对氮气源进行频繁补充，可以满足燃料电池的全生命周期的吹扫需求。