本发明涉及一种燃料电池车辆运行过程中膜电极串漏的检测方法及系统，该方法包括如下步骤：S1、启动燃料电池车辆中的燃料电池电堆进入运行状态并监测各节单电池电压，控制燃料电池电堆的电流密度至设定值；S2、燃料电池电堆各节单电池电压稳定后，提高燃料腔和氧化剂腔通入气体的压力，且保持燃料腔压力恒大于氧化剂腔压力；S3、保持氧化剂腔压力恒定，增加燃料腔压力，记录各节单电池电压变化情况；S4、筛选在步骤S3过程中电压下降的单电池，筛选出的单电池对应的膜电极发生串漏。与现有技术相比，本发明具有安全、简单、可靠等优点。