本发明涉及一种燃料电池用柔性石墨板单电池的连续生产方法，包括三段流水线，在第一段流水线上将成卷的MEA膜电极放卷得到MEA膜电极带，或者通过放卷、裁剪得到单张MEA膜电极；在第二段流水线上通过双极板生产流水线工艺得到双极板带；将第一段流水线所得的MEA膜电极带与第二段流水线所得双极板带复合，裁剪成单电池大小，置于第三段流水线的流转载体中待用；或者，将第一段流水线所得的单张MEA膜电极与第二段流水线所得双极板带复合，裁剪成单电池大小，置于第三段流水线的流转载体中待用。与现有技术相比，本发明采用滚筒式制双极板技术，且全程采用流水线自动化操作，效率高，人力成本低，且得到的单电池一致性好，质量优良，可用于大批量的单电池生产。