本发明公开一种燃料电池低温保护控制系统，包括：防冻系统控制模块，用于接收、处理和发送控制信息和指令；加热模块，包括继电单元和加热单元，所述加热单元对冷却液加热，继电单元由防冻系统控制模块进行控制；水冷模块，包括预充电单元、冷却水泵控制器和水泵，所述冷却水泵控制器分别与预充电单元、水泵连接，预充电单元由防冻系统控制模块进行控制；水冷模块外接交流三相电源，经整流桥将交流电源转化为直流电源。本发明还公开一种燃料电池低温保护控制方法，通过所述系统控制模块对加热模块和水冷模块的调控，使循环冷却液温度始终保持在适宜合理的范围，从而实现对燃料电池堆的温度保护，本发明的系统及方法智能化程度高、控温效果好。