本发明涉及燃料电池领域，尤其涉及一种燃料电池低温保护装置及其控制方法。基于燃料电池的反应原理特性，在低温环境时，需对电堆进行保温。现有技术中加热器采用不锈钢壳体构成管路，管路内部布置加热管进行加热的结构，加热装置不锈钢壳体采用多段钢管焊接，工艺复杂，对焊接质量要求高，批量生产成本高。本发明中装置壳体采用多边形管状结构，可采用型材加工，结构简单，外形规整，便于安装和批量生产；在圆形空腔壁与多边形管状结构形成的空腔中放置加热板，空腔用导热胶填充并将加热板固定在空腔中，加热器功率可根据实际需求调整加热板安装或者接入数量，通用性强；采用温控开关将冷却液温度保持在一个温度区间内，防止电堆内残留水分结冰。