本公开提供了一种导水双极板燃料电池吹扫管路系统，包括导水双极板燃料电池电堆、空气供给单元、氢气供给单元、循环水控制单元、电输出控制单元及系统控制器；所述空气供给单元、所述氢气供给单元、所述循环水控制单元及所述电输出控制单元分别与所述导水双极板燃料电池电堆连接，所述系统控制器分别与所述空气供给单元、所述氢气供给单元、所述循环水控制单元及所述电输出控制单元电连接，所述燃料电池系统还包括吹扫气体通道，所述吹扫气体通道与所述导水双极板燃料电池电堆连接，用于吹扫所述导水双极板燃料电池电堆内的水，可有效防止燃料电池电堆存放于零摄氏度以下环境中时，电池电堆内的水结冰。