本实用新型涉及电器设备技术领域，尤其涉及一种燃料电池发动机水泵系统，包括电堆、加热组件、散热组件、三通阀组件和水泵组件，三通阀组件包括第一输出端、第一输入端和第二输入端，电堆包括第二输出端，第一输出端、水泵组件和电堆依次连通，加热组件的输出端和散热组件的输出端分别与三通阀组件的第一输入端和第二输入端连接，且输入端均与第二输出端连接。使用时，通过调整三通阀组件的第一输入端和第二输入端的开度，调整冷却液流过加热组件和散热组件的量，从而调整冷却液的温度，经过调整温度的冷却液从三通阀组件流出至水泵组件，确保了流入水泵组件的冷却液的温度的准确性，避免了调整进入水泵的冷却液的温度的滞后性。