本实用新型公开了一种内窥镜用水制备系统，包括内窥镜用水机座，所述内窥镜用水机座上安装有原水泵、石英砂过滤器、活性炭过滤器、一级高压泵、二级高压泵、第一RO组件、保安过滤器、无菌水箱、UV紫外线筒、除热源超滤、清洗水箱、第二RO组件和水箱，所述原水泵分别与水箱和石英砂过滤器相连接，所述石英砂过滤器的出水口与活性炭过滤器相连接，所述活性炭过滤器的出水口与保安过滤器相连接，所述保安过滤器的出水口与一级高压泵相连接，所述一级高压泵的出水口与第一RO组件相连接，所述第一RO组件的出水口与二级高压泵相连接，所述二级高压泵的出水口与第二RO组件相连接，所述第二RO组件的出水口与无菌水箱相连接。