本申请的一种基于PCIE接口的虚拟多通道数据传输方法和系统，涉及数据传输技术领域。方法包括：获取BAR寄存器中的BAR空间地址和上位机中的内存地址，根据BAR空间地址至内存地址的映射关系构建地址映射表；根据地址映射表对BAR空间进行划分；获取BAR寄存器中的偏移地址；根据地址映射表建立偏移地址与虚拟通道之间的映射关系，构建出虚拟通道；编写入中断寄存器值；构造虚拟通道与中断寄存器值之间的映射关系；根据选取的中断寄存器值指定虚拟通道；通过虚拟通道对数据进行主动读写操作和被动接收操作。本申请通过构建若干个虚拟通道，实现单通道到多通道的转变，有效解决了采集卡中传输通道数量不足的问题。