本发明公开一种含生防菌剂的有机肥及其制备方法，属于有机肥料及微生物肥料技术领域。本发明以蚯蚓粪、秸秆、豆粕、腐殖酸等为有原料，筛选聚多曲霉、副黄假单胞菌和枯草芽孢杆菌作为活性微生物，制备得到一种生物有机肥，可以为植物生长提供必需的养分、增加有效养分含量和有机质含量、改善土壤结构以及增加土壤微生物活性，进而提高土壤肥力并促进作物生长，可代替无机化学肥料的使用，减少其对土壤的毒害作用，经济效益和社会效益显著。