本发明涉及一种城市快速通道交通系统及其通行控制方法，主要用于城市道路或主干道路，解决交通拥堵问题。其包括干道，干道由快速通道和普通通道组成，快速通道至少包括一对双向行驶的车道，普通通道至少包括一对双向行驶的车道，快速通道设于干道的中间位置，普通通道的上行车道和下行车道分别对称设置在快速通道的两侧；在干道的交叉路口处设有立交桥，立交桥跨过交叉路口，立交桥的桥面设有快速通道与干道的快速通道相连通；立交桥上的快速通道仅供直行的车辆通行。本发明将快速行驶的车辆和慢速行驶的车辆分开通行，且通过立交桥控制机动车和非机动车、行人分离通行，将直行车辆和转向车辆分别采用不同的道路通过，解决交通拥堵问题。