本发明公开了一种使用移动终端的数字证书保护web站点登录的方法及系统，其方法包括：验证服务端通过对移动终端进行注册，建立并保存所述移动终端的账号信息、移动终端信息以及数字证书的绑定关系；所述验证服务端根据web站点发送的登录请求，生成登录标识及其随机数，并将登录请求中的账号信息和生成的登录标识绑定后，发送给所述web站点，同时将所述登录标识及其随机数推送给所述移动终端；所述移动终端利用其内置的数字证书对所收到的随机数进行数字签名，并将所收到的登录标识以及签名随机数发送给验证服务端；所述验证服务端利用所述数字证书对签名随机数进行验证，并在验证成功后，使所述web站点登录到所述验证服务器。