本申请涉及智能灭菌技术领域，尤其涉及一种紫外灯智能灭菌控制系统，包括可编程控制器，可编程控制器连接多路控制单元，每路控制单元分别设置于各个房间；控制单元包括紫外灯、中间继电器、门磁开关及光线传感器，中间继电器通过配电回路连接紫外灯；门磁开关检测门的开关以输出闭合信号或断开信号至可编程控制器；光线传感器检测光照度以输出闭合信号或断开信号至可编程控制器；中间继电器接收到可编程控制器发送的闭合信号时通电，触发配电回路形成通路状态，以开启紫外灯；接收到可编程控制器发送的断开信号时断电，触发配电回路形成断路状态，以关闭紫外灯；本申请能分别控制多个房间的紫外灯的关闭和开启，避免对人体的伤害。