本发明提供了一种适用于混合牙列的牙齿矫治系统以及制造该牙齿矫治系统的方法，其中该方法包括以下步骤：构建代表原始牙齿状态的原始牙列数字模型，所述原始牙齿状态包括至少一个未萌牙；为所述原始牙齿状态中的每一个未萌牙，获取相应的萌出牙标准模型，以得到混合牙列数字模型；根据所述混合牙列数字模型产生一系列目标牙列数字模型；以及根据上述产生的一系列目标牙列数字模型制造牙齿矫治器。本发明的牙齿矫治系统能校正任何年龄段患者的牙齿，尤其适用于口腔内同时存在乳牙和恒牙的换牙期青少年患者。