本发明提供一种阻燃剂组合物及其在防腐阻燃木材中的应用，属于高分子阻燃剂组合物领域。所述阻燃剂组合物，按重量份，由以下成分组成：多元复合阻燃乳液35‑40份、酚醛环氧树脂乳液13‑15份、防腐剂AQC 1‑2份、硬脂酸甘油酯0.3‑0.5份、偶联剂KH‑550 0.2‑0.3份、羧甲基纤维素0.2‑0.3份。本发明的阻燃剂组合物中有机阻燃剂和无机阻燃剂相容性好，将阻燃剂组合物应用至防腐阻燃木材后，能够在提高防腐阻燃木材的阻燃性能及阻燃稳定性的同时，降低阻燃有效成分的流失率；以及改善防腐阻燃木材的尺寸稳定性、吸湿性、耐磨性及物理性能。