本发明提供一种微胶囊化阻燃剂的制备方法，属于阻燃剂领域。所述微胶囊化阻燃剂的制备方法，由以下步骤组成：制备芯材液、制备壁材液、制剂。本发明的微胶囊化阻燃剂的制备方法，有效提高聚磷酸铵与微胶囊壁材的相容性，有效提高包覆效果；且制得的微胶囊化阻燃剂粒径均匀，粒径分布窄，平均粒径小，有效提高微胶囊化阻燃剂的使用效果；同时，有效提高采用聚磷酸铵为阻燃有效成分的微胶囊化阻燃剂在高温、潮湿环境中的稳定性，有效避免阻燃成分失效，提高微胶囊化阻燃剂的长期储存性能；以及降低微胶囊化阻燃剂的施用量，提高阻燃效率及阻燃性能。