本发明公开了一种轨道交通用水性环氧底漆及其制备方法，属于涂料技术领域。本发明的水性环氧底漆包括A、B组分；A组分包括水性环氧乳液30‑55份、助溶剂1‑5份、防锈颜料3‑15份、流平剂0.1‑1份、增稠剂0.1‑1份、颜填料8‑30份、消泡剂0.1‑0.5份、润湿剂0.1‑0.5份、分散剂0.5‑1.5份、去离子水8‑30份；B组分包括水性环氧固化剂50‑70份、抗闪锈剂5‑20份、去离子水10‑30份；所述防锈颜料包括钙离子交换硅胶、有机硅氧烷改性硅胶和改性磷酸盐类防锈颜料；本发明的水性环氧底漆具有优异的耐盐雾性能、耐酸性能、耐碱性能以及具有良好的附着力，能够有效的应用于轨道交通涂料领域上，对交通轨道具有有效的防护效果；并且本发明提供的水性底漆的制备方法简单，能够实际应用于实际生产。