本实用新型公开了一种生物芯片用玻璃基片表面光滑性处理装置，包括基体、安装架、固定座和连接桶，所述基体的上端螺栓安装有安装架，且安装架的中端贯穿安装有活动杆，所述安装架的内侧中端轴承连接有传动齿轮，且传动齿轮的轴端固定连接有扭力弹簧，并且扭力弹簧与安装架的内侧相连接，所述活动杆的下端螺栓安装有固定座。该生物芯片用玻璃基片表面光滑性处理装置，随着使用者推动活动杆带动传动齿轮进行啮合转动，其将通过轴端的拉绳稳定的带动末端对接的连接桶沿着基体的内侧进行圆周转动，进而配合均匀分布的固定杆带动连接桶内部的水进行离心转动，从而均匀全方位的对接触的玻璃基片进行清洗工作。