本发明公开了一种磺酸盐型水性聚氨酯防水涂料的制备方法。选用自制改性磺酸型亲水扩链剂进行亲水扩链反应，解决了现有磺酸盐型水性扩链剂与聚氨酯预聚体相容性差，反应可控性差，扩链效率低，成品乳液不稳定等问题，可使扩链反应在均一相中平稳进行，显著提高磺酸盐型水性扩链剂的利用率，使合成过程精准按照配方设计进行。本发明制备的磺酸盐型水性聚氨酯防水涂料成膜力学性能优异，拉伸强度大于2.0MPa，断裂伸长率大于450％，可适用于潮湿或有明水基面，闭水不泛白、不起皮、无裂纹。