本发明涉及玻璃颗粒制备技术领域，尤其涉及一种药用玻璃容器用全自动玻璃颗粒制备系统。其技术方案包括：所述侧板共设有两个，且两个侧板之间的上端转动安装有碾钵，所述碾钵上开设有容纳槽，两个侧板之间的下端安装有电子秤，所述电子秤上托放有料框，所述侧板之间位于料框的上方活动安装有筛框，其中一个侧板的一侧安装有减速机，所述减速机上安装有转动电机，所述侧板通过减速机与转动电机传动连接，所述侧板的顶端焊接有限位杆，所述限位杆上滑动安装有限位板，所述限位板的下表面设有杵头，所述限位板的顶端通过支撑柱安装有支撑板，所述支撑板上安装有液压缸。本发明能够代替人力的同时，也能够大大节省制备时间。