本发明提供了一种液位差除垢换热器组合及其地源热泵系统，第一热管、第二热管的下管箱内部分别设置液位感知元件，用于检测第一热管、第二热管下管箱内的流体的液位，所述液位感知元件与控制器进行数据连接，控制器根据时间顺序提取液位数据，通过相邻的时间段的液位数据的比较，获取其液位差或者液位差变化的累计，控制器根据检测的流体的液位差或者液位差变化的累计来控制热水是否对第一换热器、第二换热器进行换热器。本发明通过液位差，使得换热器根据温度不断的振动除垢和换热。