本实用新型公开了一种多功能微生物培养装置，包括由箱门封闭的箱体，箱体的外侧设置有进气泵、抽气泵和控制器，箱体内设置有摇床、透明的多孔板、样品检测器、环境检测器和驱动模组，摇床由摇床驱动机构驱动，多孔板可拆卸地安装在摇床上，样品检测器由发光器、受光器和固定架组成，受光器和发光器上下间隔固定在固定架上，多孔板横穿发光器和受光器之间的间隙，固定架与驱动模组相连，控制器用于控制箱体内的气体浓度、温度和湿度及装置的整体运作。该培养装置的箱体内的气体浓度、温度和湿度可控、可调，能够进行微生物的多条件培养与在线浓度检测，实现无接触自动取样检测，无需科研人员熬夜值守，可大大减轻科研劳动强度，提高科研效率。