本发明提供了一种多个FPGA芯片之间计数器同步的装置、系统及方法，该装置包括定时器、反相器、MOS管、计数器、信号驱动电路模块，所述定时器的输出端与所述反相器一端相连，所述反相器另一端与所述MOS管栅级相连，所述MOS管源级接地，所述MOS管漏级输出同步触发信号，所述计数器的输入端输入CLK信号，所述计数器的输出端与所述信号驱动电路模块一端相连，所述信号驱动电路模块另一端与所述MOS管漏极相连。本发明的有益效果是：在无需其他芯片的参与情况下，可以消除系统启动时，因为各FPGA芯片上电时间差异、从FLASH加载代码时间差异而引起的计数器不同步的问题。