本发明具体涉及雨水收集储存利用一体化系统的控制系统，目的是提供一种可针对不同降雨量、不同降雨时长情况下精确控制雨水弃流，对储存的雨水过滤净化进行精确控制的雨水收集储存利用一体化系统的控制系统。所述的控制系统包括过滤管内设置第一开闭阀，所述弃流管内设置第二开闭阀，所述下腔内设置雨水品质传感器，所述引流管的出口处设置引流调节阀；所述控制系统还包括控制器。通过控制上导轮、下导轮在不同情况下旋转，实现不同雨量、不同时长的初期雨水弃流，对储存的雨水可以有效的过滤雨水中的细微沙粒、微生物、油脂、重金属等杂质，同时对雨水过滤净化时间进行控制，提高雨水净化效率。