本发明提供一种低蛋白质且低木质素的虫草药渣的加工工艺，包括以下步骤：一种低蛋白质且低木质素的虫草药渣的加工工艺，包括以下步骤：将经过粉碎的虫草药渣加水配制成第一悬浊液，往第一悬浊液中加入漆酶后在40‑50℃条件下水浴处理1‑6h，将漆酶灭活；继续往第一悬浊液中加入蛋白酶，在40‑50℃条件下水浴处理1‑6h，干燥后得到低蛋白质且低木质素的虫草药渣。通过酶解的方法降低虫草药渣中的蛋白质和木质素后再将虫草药渣添加至烟卷中，既发挥了虫草药渣中残留有效成分的功效，又降低虫草药渣在燃烧时产生不良物质的含量，降低卷烟对人体产生的危害；还实现虫草药渣的回收利用，避免资源浪费，减少废弃物的排放。该加工工艺简单、绿色，安全性高。