本发明公开了一种猪流行性腹泻和猪传染性胃肠炎二联活疫苗耐热保护剂及其制备方法和应用，属于生物医药领域中活疫苗耐热保护剂技术领域。提供的耐热保护剂包含5‑10重量份的蔗糖、5‑10重量份的麦芽糊精、0.5‑1重量份的抗坏血酸、1‑3重量份的聚乙烯吡咯烷酮、1‑3重量份的甘氨酸、1‑2重量份的羧甲基纤维素和3‑5重量份的胰蛋白胨，其成分简单、原料易得，利用其配制猪流行性腹泻和猪传染性胃肠炎二联活疫苗制剂时可以有效减少冷冻干燥过程中各病毒抗原的损失，并可确保猪流行性腹泻和猪传染性胃肠炎二联活疫苗制剂的免疫效力和长期稳定保存。