本发明涉及油田调剖堵领域，公开了一种注水开发用深部调驱体系及其制备方法和应用，该深部调驱体系包括改性石油树脂、水溶性聚合物、乳化剂和水；其中，所述水溶性聚合物为阴离子型；所述改性石油树脂通过将石油树脂和木质素熔融共混后得到；所述乳化剂为壬基苯酚聚氧乙烯醚和/或辛基苯酚聚氧乙烯醚。该深部调驱体系能够提高耐温抗盐性能及其抗冲刷性能，提高其稳定性，降低水相渗透率，加大水相封堵作用，从而达到稳油控水调结构、提高采收率的效果。