本发明公开了一种便携式灭菌器，它包括盖体、灭菌模块、与灭菌模块相连接的电源供应装置，盖体包括上部盖体和设置于上部盖体下方并具有复数个贯通孔的下部盖体，灭菌模块位于上部盖体和下部盖体之间，灭菌模块为等离子发生装置，电源供应装置部分露出于盖体外部。本发明结构简单、方便携带，随时随地都能方便使用；不需要单独设置灭菌空间，减小了便携式灭菌器的安装空间，对于奶瓶、水果蔬菜或厨房用品等形状大小不同的灭菌对象可以方便杀菌；由于采用了等离子发生装置，所以可以用对人体无害的物质进行有效的灭菌消毒。