本发明公开了一种药盒自动化包装线及包装方法，涉及药盒包装领域。该包装线包括装盒装置、传送机构、PLC控制系统、荧光检测器、光电开关、计步器和剔除装置，药品说明书设有荧光，荧光检测器位于药盒开口朝向侧，传送机构包括第一传送平台和第二传送平台，第一传送平台的一端与装盒装置对接，第一传送平台的传输面设有第一出料口，第一出料口和剔除装置沿第一传送平台的传输方向依次设置，第二传送平台的端部设有封装装置。该方法包括装盒装置依次将药盒传送到第一传送平台，当光电开关检测到药盒时，PLC控制系统启动荧光检测器检测药盒内是否有荧光。本发明能够将未装说明书的药盒的不合格药盒自动踢出，大大提高了产品的合格率。