本发明公开了一种食品进出杀菌斧的自动装卸系统，包括装笼区、卸笼区，还包括有可在装笼区、卸笼区之间流转的第一小车，在装笼区设置有与第一小车并排设置的、用于托盘暂存的第二小车，在卸笼区设置有与第一小车并排设置的、用于托盘暂存的第三小车，第一、二、三小车具有可升降的、用于抵托托盘的底板，在装笼区和卸笼区分别设置有推板机构，装笼区的推板机构将第二小车中的托盘推入第一小车后复位，同时第一、二小车中的底板分别下降和上升一个高度；卸笼区的推板机构将第一小车中的推盘推入第三小车后复位，同时第一、第三小车中的底板分别上升和下降一个高度。本发明能够很好的实现托盘的堆垛和托盘的下卸。