本发明提供了一种黄豆辣椒复合发酵酱的制备方法和火锅底料及其制备方法，复合发酵酱的制备方法包括：将发酵黄豆和发酵辣椒混合，后发酵，得到黄豆辣椒复合发酵酱；所述发酵黄豆由以下方法制得：将黄豆焙炒、润水后和蚕豆粉混合后接种米曲霉曲精制曲，得到黄豆曲；将黄豆曲和盐水混合，发酵过程中加入干酪乳杆菌液、鲁氏酵母菌液和球拟酵母菌液，得到发酵黄豆；所述发酵辣椒由以下方法制得：将辣椒粉碎后和盐水混合，发酵过程中加入短乳杆菌液，得到发酵辣椒。复合发酵酱具有较高含量的氨基酸态氮、总酚和总黄酮。与传统郫县豆瓣酱相比，该复合发酵酱成本低、品质优、营养价值高。上述复合发酵酱制备的火锅底料酱香更好，口味接受度高。