本发明公开了一种固定化β‑呋喃果糖苷酶及利用该酶制备低聚乳果糖的方法，属于低聚乳果糖制备技术领域。将壳聚糖、聚季铵盐和醋酸混合后的混合溶液，加入至碳酸盐凝固液中制备改性壳聚糖微球；三聚磷酸盐加入至改性壳聚糖微球氢氧化钠分散液中进行交联反应得到大孔壳聚糖微球；将β‑呋喃果糖苷酶液与大孔壳聚糖微球混合，低温震荡得到固定化β‑呋喃果糖苷酶。本发明利用聚季铵盐使壳聚糖的孔隙发达，三聚磷酸盐与壳聚糖微球交联，提高了微球的机械强度，提高了壳聚糖微球对β‑呋喃果糖苷酶的固定强度和pH稳定性，有利于物料流动，增强酶的稳定性，提升酶的重复使用率和使用周期，降低生产成本，具有广泛应用前景。