本发明公开了一种采用连续发酵的方式制备赤藓糖醇的方法，属于发酵技术领域。将解脂假丝酵母菌种子液按8‑10%量接入到一级发酵罐中发酵培养，当pH降至4.2‑5.0、细胞密度达18‑25时，转移8~10%的发酵液到二级发酵罐中，损失的体积用24‑26%的葡萄糖液补足继续培养，当二级发酵罐pH降到4.2‑5.0、细胞密度达18‑25时，转移8~10%体积的发酵液于下一级发酵罐中，该依此类推，发酵液转移3~6次，停止转移，当发酵液中葡萄糖含量≤0.2g/100mL时发酵结束，提取得赤藓糖醇。本发明利用赤藓糖醇发酵料液渗透压高、pH低不宜染菌的特点，利用发酵前期糖醇转化速率高的发酵液做下一罐发酵种子液进行连续发酵，降低了摇瓶种子、一级种子罐、二级种子罐的培养频次，降低了生产成本。