本发明提供一种牙颌模型咬合关系建立方法及系统，方法包括：获取牙颌模型，确定牙颌中上颌与下颌的牙颌坐标系；对上颌与下颌的相对位置进行调整，使上颌与下颌映射于同一个牙颌坐标系中；建立上颌与下颌的咬合点的对应关系；根据初始咬合姿态，和/或位置通过预设碰撞约束算法调整，将上颌与下颌的其中之一设置为基准牙颌，另一设置为待调整牙颌，通过调整待调整牙颌的牙颌姿态和/或位置使调整后的咬合点达到目标咬合姿态和/或目标位置，使得上颌的牙齿与下颌的牙齿处于对齐关系，且上颌与下颌之间没有发生碰撞。解决现有方法中，需要大量手工交互，且需要人工判断最佳咬合关系，耗时耗力，同时可能导致咬合关系判断不准确的问题。